Как и любой боевой отряд, группа героев игрока формируется вокруг лидера. Каждый игрок в начале игры тасует свою колоду и берет из нее пять карт. Одного из персонажей игрок определяет лидером и выкладывает перед собой, а четыре оставшиеся карты оставляет на руке, которые потом сможет выкладывать вокруг лидера в процессе игры.

Боевой отряд игрока может состоять из девяти персонажей, которые раскладываются в сетку 3х3. Первый ряд, который находится в непосредственной близости от карт соперника, называется авангардом, карты второго ряда состоят из двух флангов и центрального лидера, последние три героя в третьем ряду формируют тыл.

Игроки ходят по очереди, и каждый в свой ход может выполнить по 2 действия для каждого ряда. Игрок может потратить одно действие, чтобы взять в руку новую карту из своей колоды, разыграть одну карту с руки в любую свободную область вокруг лидера, атаковать героев соперника, переложить карту персонажа на любое другое свободное место в сетке отряда.

Ключевым действием в игре Пиксель Тактикс выступает атака. Игрок выбирает одного атакующего персонажа в текущем ряду и определяет цель, выполняя действие, указанное на карте персонажа в поле "атака". В первом ряду, конечно, лучше располагать рыцарей и воинов, у которых уровень ближней атаки самый высокий, лучников и магов лучше располагать по флангам и в тылу, чтобы они могли вести дальние атаки. Некоторые персонажи обладают свойством "перехват", которое пресекает любые дальние атаки по юнитам, находящимся за "спиной" персонажа. Атака наносит юниту ранения, которые представлены жетонами. Когда количество ранений становится равным уровню жизни персонажа - он погибает.

Кроме боевых способностей, которые зависят от того, в какой части игровой области расположена карта, каждую карту можно также разыграть как действие, эффект которого указан на карте в соответствующем поле. Также важно заметить, что все лидеры обладают уникальными свойствами, которые действуют на протяжении всей игры, например, все персонажи автоматически получают от атак на одно ранение меньше.

Что интересно, в игре Пиксель Тактикс карты погибших юнитов не убираются автоматически с поля боя, как например, в Берсерке, а остаются лежать рубашкой вверх на том же месте, где и были. Игрок должен потратить одно свое действие, чтобы убрать карту павшего героя и освободить тем самым место для разыгрывания нового героя с руки.

Цель игры Pixel Tactics - уничтожить лидера противника, сведя до нуля его уровень жизни. Когда лидер повержен, его карту забирает победитель, после чего начинается новая партия. Игроки сами определяют, сколько игровых партий они разыграют. Побеждает тот игрок, которых соберет больше всего карт лидеров соперника.

За очень скромной комплектацией игры Pixel Tactics скрывается серьезная и глубокая в своей вариативности игра. Изначально оба игрока в равных условиях - карты в двух колодах абсолютно идентичны. Высокую реиграбельность дает не только тасовка карт перед игрой, но и то, какого лидера из пяти предложенных выберет игрок, в какой ряд он будет выкладывать карты тех или иных персонажей, какие действия он будет выбирать. Ваша победа в ваших руках!