При підготовці до гри команди сідають по різних сторонах столу і відгороджуються один від одного спеціальними ширмами, гравці розподіляють ролі та отримують маркери та ігрові листи. Вибравши сценарій, учасники готові до гри.

Екіпажі підводних човнів складаються з капітана і трьох його підручних, і за статутом кожен виконує чітко обмежене коло дій. У кожного моряка перед собою буде пульт управління (аркуш ролі), який відповідає за певну систему човна.

+ Капітан вибирає на своєму аркуші-карті стартову точку знаходження субмарини і керує судном, голосно вимовляючи напрямок руху (схід, північ, захід, південь) і позначаючи лініями на карті маршрут просування ;

+ Радіооператор - очі і вуха корабля, у нього такий самий лист як у капітана, але його мета відзначати не свій курс, а курс суперника. Гравець повинен слухати накази ворожого капітана і відзначати на своєму прозорому аркуші напрямок руху ворожого підводного човна. Його завдання - постійно звіряти маршрут ворога з картою, щоб зрозуміти, в якій саме точці він може перебувати;

+ Помічник капітана відповідає за підготовку бойової системи. На його аркуші є шість блоків, які відповідають за підводні міни, торпеди, сонар, розвідувальні дрони та інше. У кожному блоці є трек готовності системи, що складається з кількох осередків. Після кожного наказу капітана він на свій розсуд закреслює будь-яку комірку. Коли всі комірки в одному блоці будуть закреслені, він повідомляє капітанові про готовність використовувати ту чи іншу систему, наприклад: "міни готові!";

+ Інженер забезпечує технічну справність бойових систем та атомного реактора. Після кожного наказу капітана він закреслює ту чи систему, показуючи, що вона несправна. Наприклад, закреслюючи систему торпед та мін, інженер блокує їх використання, хоча вони підготовлені помічником капітана. Можна закреслити нейтральний реактор, але якщо всі осередки реактора будуть несправні, станеться перегрів і човен отримає одне пошкодження.

Отримавши дані про готовність систем від помічника і дані про противника від оператора, капітан може віддати наказ про закладку міни, постріл торпедою, відправлення дрона (можна дізнатися точний сектор знаходження противника), включення сонара (можна дізнатися рядок або стовпчик, де він може перебувати). Якщо занадто багато систем несправно або капітанові нікуди плисти (не можна повертатися в точки, де вже був), він віддає наказ на спливання, у цьому випадку всі системи лагодяться, а весь пройдений маршрут стирається і все починається з чистого листа. Основний недолік цієї дії - супротивник дізнається сектор на карті, де сталося спливання.

Найбільш повно гра Captain Sonar розкриває себе при максимальній кількості гравців, де кожен учасник матиме свою чітко позначену дію. Саме від того, які рішення прийматиме кожен гравець, залежатиме доля всієї команди, так що Капітан Сонар як жодна інша гра допоможе розвинути у гравців вміння працювати в команді, координувати свої дії та довіряти один одному.

Якщо грає менше 8 гравців, один з учасників бере на себе обов'язки двох або більше персонажів. Також у грі передбачено два режими - по черзі та одночасно. Гра по черзі рекомендується для гравців-початківців, коли один капітан дає розпорядження, його команда виконує свої дії, а потім командує другий капітан. Якщо гра йде одночасно, капітани одночасно віддають накази, що, безперечно, ускладнює ігровий процес (особливо для радіооператора), але робить його більш реалістичним.

Перемагає команда, яка перша потопить противника, завдавши йому чотири пошкодження.