Як і будь-який бойовий загін, група героїв гравця формується навколо лідера. Кожен гравець на початку гри тасує свою колоду та бере з неї п'ять карток. Одного з персонажів гравець визначає лідером і викладає перед собою, а чотири карти залишає на руці, які потім зможе викладати навколо лідера в процесі гри.

Бойовий загін гравця може складатися з дев'яти персонажів, які розкладаються в сітку 3х3. Перший ряд, який знаходиться в безпосередній близькості від карт суперника, називається авангардом, карти другого ряду складаються з двох флангів та центрального лідера, останні три герої у третьому ряду формують тил.

Гравці ходять по черзі, і кожен у свій хід може виконати по 2 дії для кожного ряду. Гравець може витратити одну дію, щоб узяти в руку нову карту зі своєї колоди, розіграти одну карту з руки в будь-яку вільну область навколо лідера, атакувати героїв суперника, перекласти карту персонажа на будь-яке інше вільне місце у сітці загону.

Ключовою дією в грі Піксель Тактікс виступає атака. Гравець вибирає одного атакуючого персонажа в поточному ряду та визначає мету, виконуючи дію, вказану на карті персонажа в полі "Атака". У першому ряду, звичайно, краще розташовувати лицарів і воїнів, у яких рівень ближньої атаки найвищий, лучників і магів краще розташовувати флангами і в тилу, щоб вони могли вести дальні атаки. Деякі персонажі мають властивість "перехоплення", яке припиняє будь-які дальні атаки по юнітах, що знаходяться за "спиною" персонажа. Атака завдає юніту поранення, представлених жетонами. Коли кількість поранень стає рівною рівню життя персонажа - він гине.

Крім бойових здібностей, які залежать від того, в якій частині ігрової області розташована карта, кожну карту можна також розіграти як дію, ефект якої вказаний на карті у відповідному полі. Також важливо зауважити, що всі лідери мають унікальні властивості, які діють протягом усієї гри, наприклад, всі персонажі автоматично отримують від атак на одне поранення менше.